阜陽市環境保護科學技術研究所是阜陽市環境保護局直屬單位。制定阜陽市環境保護年度科研計劃，協助市環保局計財科制定環境保護科技發展戰略規劃。針對市產業結構情況，積極研究節能降耗、清潔生產、生態保護和可靠實用的污染防治技術;開展環境影響評價和污染治理工作，為建設單位和污染治理企業提供技術依托;完成市環保局下達的指令性研究任務和其它任務;參與環保科技成果的鑒定和環保產品篩選;推廣國家和省認定的環保最佳實用技術;制定水流域環境保護規劃和城鎮環保綜合防治規劃，為政府部門提供決策依據。承擔國家和地方性環保標準、技術規范的制定和環境測試新技術、新方法驗證任務。