南通市第三人民醫院院始建于1962年，前身為南通市傳染病防治院。目前已發展成為集醫教研于一體的三級甲等醫院，南通大學附屬南通第三醫院，南京中醫藥大學南通中西醫結合臨床醫學院，全國綜合醫院中醫藥工作示范單位、國家級住院醫師規范化培訓基地，附設南通市肝病研究所、皮膚病研究所。

醫院目前編制床位1000張，實際開放床位近1200張，擴建工程二期項目完成后，開放床位將達1600張。現有職工1300余人，占地面積51682平方米，建筑面積近7萬平方米。設有2個門診部、49個臨床醫技科室、2個緊密型醫聯體，3個社區衛生服務站。擁有省級臨床重點專科3個，2個市級臨床醫學中心，9個市級醫學重點學科，1個市級臨床醫學創新團隊, 25個市級臨床重點專科,12個基層特色孵化中心。傳染病學連續3年進入中國醫院科技量值排行榜100強。2017年牽頭組建南通市傳染病防治聯盟、2017-2019年作為主要發起單位組建江蘇省肝健康聯盟、傳染病專科聯盟，成為長三角傳染病防治創新醫院聯盟核心成員單位，2019年建成復旦大學附屬華山醫院感染病國家重點學科南通基地。2020年成為中國公共衛生聯盟成員單位。

醫院成功實踐“以專科為重點、綜合學科協調發展”的專科醫院建設創新理論，同時創建全國首家政府命名的“無紅包醫院”并保持20余年如一日。2007年又在全國率先創建以“醫德高尚、醫術精湛、醫患和諧、醫境優美、醫文醇厚”為目標的“白求恩式醫院”取得明顯成效。先后獲“全國文明單位”“全國職工職業道德建設十佳單位”“全國先進基層黨組織”“全國五一勞動獎狀”“全國衛生系統先進集體”“全國醫德建設先進集體”“全國衛生系統思想政治工作先進單位”等多項國家級榮譽，成為衛生系統職業道德建設的一面旗幟。