生態環境中心圍繞“國家生態環境安全與可持續發展”戰略定位，充分發揮生態環境中心環境科學、環境工程和生態學三大學科的綜合優勢，圍繞國家環境保護與生態建設的重大科技需求和國際生態環境科學前沿，不斷突破支撐國家生態安全、環境健康和可持續發展的重大科學理論與關鍵技術，為我國生態文明建設、環境治理與生態保護、實現人與自然的和諧發展做出基礎性、戰略性、前瞻性創新貢獻，努力成為我國生態環境科學應用基礎研究和技術創新基地、高級專門人才培養基地，國內領先、國際一流的生態環境綜合性研究機構。

生態環境中心主要學科方向為：持久性有毒污染物的環境過程與控制、環境污染的健康風險、污染水體修復與飲用水安全保障技術、人與自然耦合機制、城市與區域可持續發展理論與對策、環境生物技術的理論與應用。力爭在環境污染的健康效應與危害機制、飲用水復合污染機理、過程與控制、生態系統服務形成機理和生態效益評估等三個領域取得重大突破;重點培養新型污染物的識別及毒性效應、京津冀環境多介質復合污染協同削減與調控、城市化的生態環境效應與生態管理、大氣污染成因與關鍵污染物控制技術、環境納米材料與污染控制、污染物定向生物轉化、固體廢棄物資源化利用技術等方向。

生態環境中心現有3個國家重點實驗室、1個國家工程實驗室、2個中國科學院重點實驗室、6個所級實驗室及若干支撐服務系統平臺。國家重點實驗室包括環境化學與生態毒理學國家重點實驗室、環境水質學國家重點實驗室(環境模擬與污染控制國家重點聯合實驗室)、城市與區域生態國家重點實驗室;中國科學院重點實驗室包括中國科學院環境生物技術重點實驗室、中國科學院飲用水科學與技術重點實驗室;所級實驗室包括：生態環境中心環境納米技術與健康效應重點實驗室、大氣環境科學實驗室、水污染控制實驗室、土壤環境科學與技術實驗室、固體廢棄物處理與資源化實驗室、大氣污染控制中心;支撐服務系統平臺包括：文獻信息中心(下設7個期刊編輯部)、大型分析儀器實驗室、二惡英實驗室、水質分析實驗室和北京城市生態系統研究站。其中二惡英實驗室為實驗室認可和計量認證實驗室、水質分析實驗室為計量認證實驗室。生態環境中心是農業部批準的農藥登記殘留試驗認證單位之一。

截至2018年底，生態環境中心有職工504人，包括中國科學院院士2人，中國工程院院士3人，發展中國家科學院院士4人，正高級研究人員110人，副高級研究人員120人，國家杰出青年科學基金獲得者21人，優秀青年科學基金獲得者20人。生態環境中心組建有“持久性有毒污染物形態、環境過程與毒理效應”、“環境微界面過程與污染控制”、“土地利用與生態過程”、“持久性有毒污染物的環境過程與毒理效應”等4個國家基金委創新研究群體和“持久性有毒化學污染物”、“生態系統過程與服務”、“飲用水安全”等3個中國科學院創新研究團隊。

生態環境中心是國務院學位委員會批準的碩士學位(1980年)、博士學位(1986年)授予權單位之一，擁有環境科學、環境工程、生態學、環境經濟與環境管理、分析化學、有機化學等博士學科培養點，環境科學、環境工程、生態學、環境經濟與環境管理、分析化學、有機化學等碩士學科培養點，設有環境科學與工程、生物學、生態學博士后流動站。中國科學院博士研究生教育重點培養基地，“環境科學與工程”流動站為全國優秀博士后流動站。有在學研究生829人，其中博士生471人、碩士生330、留學生28人，在站博士后研究人員227人。

生態環境中心積極推進與政府有關部門、高校和企業的合作，大力實施國際化發展戰略。在開展科技合作的基礎上，努力為解決地區性生態環境問題服務，不斷提高生態環境中心為地方經濟建設、環境治理、生態建設和可持續發展提供科學技術支撐的能力。生態環境中心分別與美國、德國、日本、英國、加拿大、瑞士、瑞典、荷蘭和澳大利亞等國的有關大學和研究所建立了良好的科研合作關系，共建聯合研究所和實驗室，進行學術交流和聯合培養研究生。生態環境中心科研人員多人次在國際組織、專業委員會和國際期刊中任職，在相關的國際組織活動中發揮了重要作用，提高了我國科學家在國際生態環境科學等領域的科學地位。依托生態環境中心建設有聯合國環境規劃署持久性有機污染物分析示范實驗室、住房和城鄉建設部農村污水處理技術北方研究中心。生態環境中心與南澳大利亞水務公司共建國際水科學技術中心、與挪威共建中-挪環境綜合研究中心、與橫濱國立大學聯合共建亞洲國際生態環境安全管理中國聯合研究中心、與中國節能投資公司共建中環水務-生態環境中心聯合研發基地、與鹽城共建先進環保技術研究院。

建所以來，生態環境中心先后承擔并完成了大量國家、中國科學院、省部級研究項目以及國際合作項目，共獲得國家和省部級成果獎勵335項，其中國家級獎勵50項(以第一單位完成獲得24項);發表SCI、EI第一著者論文數連續10多年在中國科學院資源環境類研究所位列第一。生態環境中心在本領域成果豐碩，不僅在知識積累、方法儲備和人才隊伍等方面為生態環境領域的綜合研究奠定了堅實基礎，而且為制定我國新時期生態環境保護與管理政策提供了科學依據，為國家生態安全保障提供了重要科技支撐。形成了包括環境科學、環境工程、生態學、分析化學、有機化學、環境經濟與環境管理專業等多學科體系，在新POPs發現和分析方法、分子毒理及其表觀遺傳學、二惡英控制、生態系統服務、城市與景觀生態、飲用水安全控制等方面取得了高水平和原創性的研究成果;目前已形成了一支創新能力強的高水平研究隊伍，初步建成了世界一流的生態環境科學研究平臺。

生態環境中心1999年首批進入中國科學院知識創新工程試點。2010年，在知識創新工程綜合評估中，生態環境中心獲資環領域并列第一，研究所綜合評估A，被評為中國科學院A類研究所。2011年第一批進入中國科學院“創新2020”和“一三五”發展規劃擇優支持研究所。2015年，中國科學院批準依托生態環境中心建設中國科學院生態環境科學科教融合卓越中心。2016年，國家發展和改革委員會批準依托生態環境中心建設高濃度難降解有機廢水處理技術國家工程實驗室。

生態環境中心是中國生態學學會、國際環境問題科學委員會中國委員會的掛靠單位。編輯出版JournalofEnvironmentalSciences(SCI和EI收錄)、《生態學報》、《環境科學》、《環境科學學報》、《環境工程學報》、《環境化學》、《生態毒理學報》、EcosystemHealthandSustainability等8種自然科學學術期刊。國際刊物EnvironmentalScience&TechnologyAsianoffice、國際水協會IWABeijingoffice、國際環境問題科學委員會SCOPEBeijingoffice設在生態環境中心。生態環境中心科學家曾分別擔任國際生態學協會副主席、國際景觀生態學會副主席、太平洋科學協會主席、國際科聯科學計劃和評估委員會、全球氣候變化適應網絡亞太區域科學委員會委員等重要學術組織職務;擔任EnvironmentalScienceTechnology，ScienceAdvances副主編等。