安徽省疾病預防控制中心是在原安徽省衛生防疫站(1953年4月建站）的基礎上，于2003年調整組建的全省綜合性疾病預防控制機構，是隸屬于省衛生健康委的公益性事業單位，同時掛牌省健康教育所和省公共衛生研究院。

中心承擔政府疾病預防控制技術管理與服務職能，主要包括：傳染病、地方病、慢性非傳染性疾病等預防與控制、突發公共衛生事件和災害應急處置、疫情及健康相關因素信息管理、健康危害因素監測與干預、衛生檢測與評價、健康教育與健康促進、疾病預防控制技術管理與應用研究指導等。

中心內設23個科室，編制373人，截至2021年12月底，在職職工305人，離退休人員213人。各類專業技術人員278人，其中高級職稱80人，本科以上學歷占業務人員總數的85.6%。

中心擁有全省唯一的生物安全三級實驗室，具有包括新冠病毒在內的7種高致病性病原微生物實驗資格。擁有微生物、理化檢驗室，毒理學實驗室，消毒潔凈實驗室，艾滋病確認實驗室，碘缺乏病實驗室，麻疹、脊灰實驗室。中心各類實驗室通過CNAS認證認可的檢驗檢測項目1320個，通過CMA認證認可的檢驗檢測項目1324個。

中心搭建有三大科研合作平臺，分別為省衛生健康委與中國科學技術大學依托中心共建的“聯合實驗室”，中心與安徽醫科大學、中科院物質所共同成立的“重大傳染病綜合研究中心”以及與中科大附屬第一醫院（省立醫院）共建的“聯合實驗室”。中心還是“中國疾控中心中國現場流行病學培訓項目安徽基地”“安徽醫科大學預防醫學專業教學基地”。傳染病病原分子生物學實驗室、現場流行病學是安徽省“十三五”醫療衛生重點實驗室/重點專科；現場流行病學、病原微生物分子生物學實驗室和艾滋病病毒分子與免疫學中心實驗室是安徽省“十四五”醫療衛生重點實驗室/重點專科。已建成國家突發急性傳染病防控隊（安徽）。

中心文明創建碩果累累，蟬聯四屆全國文明單位，獲得全國抗擊新冠肺炎疫情先進集體、全國工人先鋒號、全國衛生系統先進集體、全國衛生系統衛生文化建設先進單位、全國醫藥衛生系統先進集體、安徽省文明單位、安徽省抗洪救災先進集體等各類榮譽70余項。中心涌現出全國抗擊新冠肺炎疫情先進個人、全國抗擊新冠肺炎疫情三八紅旗手、全國抗疫最美家庭、安徽省勞模、安徽省優秀援疆干部、安徽省雙百優醫生、安徽省抗擊新冠肺炎疫情先進個人、安徽好人、安徽省五一勞動獎章個人、安徽省五四青年獎章個人、安徽省巾幗崗位標兵、安徽省優秀共青團員、省直機關十大杰出青年、省直機關道德模范、合肥好人、合肥市崗位學雷鋒標兵等先進模范人物。