九江市疾病預防控制中心于2008年12月由原九江市衛生防疫站、九江市結核病防治所、九江市血吸蟲病防治所、九江市健康教育所整合而成，是應用預防醫學理論和技術開展疾病預防控制的專業技術機構，屬公益一類事業單位。按原國家衛生部〔2008〕68號文件要求，主要承擔疾病預防與控制、衛生應急管理與處置、疫情收集與預警分析、健康危害因素監測與干預、檢驗檢測與評價、衛生技術服務與管理、健康教育與健康促進七項基本職能。

中心現有核編101人，在編人員93人，其中專業人員77人（正高5人、副高21人、中級30人、初級21人），近年引進研究生12人、重點大學本科生4人，另有離退休人員57人。擁有實驗辦公用房8000平米，擁有液相色譜儀、氣相色譜儀、離子色譜儀、原子吸收光譜儀、多重病原微生物核酸檢測系統、巢式PCR儀、脈沖場凝膠電泳儀、I熒光定量PCR儀等先進精密儀器設備和其它設備400余臺件。擁有功能齊全的微生物、理化實驗室。中心建立了一套完整的實驗室質量管理體系，2016年2月通過了檢驗檢測機構資質認定評審。中心可以開展食品、食品添加劑，食品容器及包裝材料，化妝品及衛生用品、消毒及常用消毒劑、公共場所衛生、公共場所潔凈度監測、建設項目職業病危害評價/危害因素及放射衛生監測、地方病監測、生活飲用水、生物樣本和疾病控制等樣本的檢測。中心獲得2017年全國質控網絡（鹽碘實驗室、水碘實驗室、尿碘實驗室）合格認證；全國艾滋病檢測實驗室HCV抗體血清學檢測能力驗證”優秀認證；全國艾滋病檢測實驗室梅毒抗體血清學檢測能力驗證”優秀認證；江西省麻疹血清檢測盲樣考核優秀認證；江西省流感病毒核酸檢測盲樣考核優秀認證等。

中心內設19個科（所），其中職能科室（4個）：行辦、黨辦（人事科）、信息監察室、財務科；業務科所（15個）：業務科、傳染病防治所（應急辦）、艾滋病防治所、結核病防治所、地方病/血吸蟲病防治所、免疫規劃科、質控科、慢性病防治所、公共衛生均等化辦公室、衛生監測科、職業病防治科、健康教育所、微生物檢驗科、理化檢驗科、美沙酮門診部。

中心立足本職工作，積極開展疾病預防控制的應用研究，取得可喜成果。近年來，獲省部級科技進步獎1個，省市共建醫學領先學科1個。榮獲全省“2016年度社會組織參與艾滋病防治工作優秀獎”； 全省艾滋病防治協會2016年度征文活動市級組織獎；全省衛生應急技能競賽“突發急性傳染病防控”單項團體三等獎（第三名）；全省衛生應急技能競賽綜合團體二等獎（第二名）；全市衛生應急技能競賽特別貢獻獎。