廈門市第二醫院的前身是1898年創立于鼓浪嶼的教會“救世醫院”。1998年7月，廈門市第二醫院與海滄醫院合并。2003年11月，與集美醫院合并，并將總部由鼓浪嶼遷至集美，成為廈門市島外最大的綜合性醫院，目前醫院擁有集美和海滄兩個院區。2004年加掛“嘉庚醫院”的牌子，提高了與海外的交流力度。實際開放床位502張，二期將再開放400張以上床位，2007年初床位達900余張。 醫院現有職工1014人，其中專業技術人員754人，高級職稱89人，中級職稱160人，碩士以上60人，博士7人。醫院年門診量55萬人次，年出院病人1.7余萬人次，年手術量6000余臺。 醫院開設17個臨床科室和7個醫技科室，部分專科已達到“三級甲等”醫院重點專科水平：市呼吸疾病診治中心(肺科)、血液凈化(腎內科)、腔鏡診療科、心腦血管病診療科、婦產科、泌尿外科、骨科、兒科、消化內科等飲譽廈門乃至省內外，其中，市呼吸疾病診治中心(肺科)為我市重點學科，職業病防治、中毒救治專科以及婦科腔鏡專科為我市規劃重點專科。 1994年我院在閩南地區率先開展電視腹腔鏡行膽囊切除的微創手術以來，累計開展各類微創診療項目百余項，成功地完成各類高難度的微創治療手術10000多例，手術例數、技術難度均為全省前列，其中相當多數項目的技術水平已經達到國內先進，部分項目填補了省內、市內空白。自1997年以來，先后有三項科研課題分別獲得省市科技進步二、三等獎。近幾年來，我院腔鏡系列手術在普外、胸外、泌尿外、婦科等方面取得快速發展，已形成多學科微創診療體系。隨著ICU、神經外科的成立，創傷救治已成為醫院的重點品牌之一。 醫院擁有全國首臺氣道超聲設備和氣道冷激發試驗設備、廈門首臺雙屏幕纖維支氣管鏡設備、日本超細(直徑0.5厘米)電子鼻胃鏡、閩南首臺小巨人體外震波碎石機、激光(雙頻雙脈沖)碎石機，擁有腔鏡外科全套設備及氣壓彈道碎石系列設備，西門子800毫安、島津800毫安X線機，貝克曼全自動大型生化分析儀，瑞典金寶系列血液透析機，原裝進口彩超，數字胃腸X光機，等離子前列腺汽化電切儀，電子顯微鏡，柯達DR，先進的四排及雙排全身螺旋CT等醫療設備。 為了順應海峽西岸經濟區的建設，加快醫院發展步伐，醫院委托上海復旦大學制訂了《十年戰略發展規劃》，二院將朝著“立足廈門北部地區，輻射閩西南”的戰略發展目標篤志前行。