河南省疾病預防控制中心前身為省衛生防疫站，成立于1953年。2003年11月，經省機構編制委員會批準，撤并省衛生防疫站、省結核病防治研究所組建成立省疾病預防控制中心，核定編制470人，規格副廳級，經費實行全額預算管理。2006年2月，整體搬遷至鄭東新區，占地80畝，總建筑面積34190平方米。其中，擁有生物實驗室8427平方米；毒理實驗室3853平方米；理化實驗室5025平方米。

2017年編制調整為454人，現有在職職工413人。其中專業技術人員363人，博士18人，碩士171人。高級職稱人員117人，其中二級正高2人。擁有全國勞動模范2人，享受國務院特殊津貼12人，省政府特殊津貼1人，省五一勞動獎章2人，省管優秀專家6人，跨世紀學術和技術帶頭人12人。

設立9個業務所（中心）、6個職能處室、13個直屬科室。擁有各類儀器設備總價值1.56億元，達到國內一流水平。通過國家認可委的認可和原衛生部的計量認證，認證認可項目達976項，被商務部第一批授予“定點食品安全檢測機構”， 2014年獲國家食品藥品監督管理局“保健食品注冊檢驗機構”資質認可，被原國家衛計委授予“國家食品安全風險監測河南中心”。目前已經獲5項國家檢測檢驗認可資質。建有全省唯一的BSL-3實驗室、49個BSL-2實驗室（其中10個為加強型BSL-2實驗室）、省A級SPF動物實驗室、菌（毒）種保藏中心、國家級艾滋病確證實驗室、WHO認證的脊灰實驗室、結核病參比實驗室、淮河流域癌癥綜合防治項目實驗室，以及“國家致病菌識別網”區域中心實驗室等。

擁有河南省重點實驗室：河南省傳染病病原生物重點實驗室；發改委傳染病分子醫學河南省工程實驗室；省醫學重點學科6個（傳染病學、食品安全、醫學寄生蟲學、慢性病流行病學、地方病學、艾滋病學）；省醫學重點實驗室5個（河南省艾滋病防治研究實驗室、河南省結核病參比實驗室、河南省病原微生物醫學重點實驗室、河南省食品安全風險監測醫學重點實驗室、河南省免疫預防醫學重點實驗室）；省級創新型科技團隊3個（新發傳染病預防控制優秀科技創新型團隊、艾滋病與結核病等重大傳染病綜合防治研究團隊、河南省食品安全創新型科技團隊），獲批省人力資源和社會保障廳博士后創新實踐基地。先后獲得國家級重大科研成果8項，省部級科技進步獎100余項。“消滅絲蟲病研究”“新布尼亞病毒發現及其致發熱伴血小板綜合征預防控制”分別獲河南省科技進步一等獎，填補了我省醫藥衛生類省科技進步一等獎的空白。2014年以來，主持國家“十三五”科技重大專項1項，承擔國家科技重大專項11項；獲批國家自然科學基金項目3項，省級項目71項，市廳級項目152項；獲批科研項目經費2000多萬；獲省級科技獎20項，市廳級科技成果獎45項；發表學術論文1031篇，其中SCI收錄86篇，單篇最高影響因子達到45.54。

2011年以來，已經連續3屆蟬聯“全國文明單位”稱號。2017年，在原國家衛計委開展的省級疾控中心規范化建設評比中，位列全國第八名。先后被人社部授予“抗震救災英雄集體”、被原衛生部授予“全國衛生系統抗震救災英雄集體”、被中組部授予“全國抗震救災先進基層黨組織”、被全國總工會授予“抗震救災重建家園‘工人先鋒號’”，多年來多次被國家原國家衛計委授予“衛生應急先進集體”“全國疾病預防控制先進集體”等榮譽稱號。