為全面體現政府公共衛生職能，適應疾病譜和醫學模式改變，擴大疾病預防控制功能，增強城市公共衛生應急能力，優化衛生防病資源，提高公共衛生科技水平，1998 年 11 月，在市委、市政府的重視下，上海按照預防歸口、綜合管理、網絡統一、上下對口、機構整合、功能重組的原則，在原上海市防疫站基礎上，實質性合并市勞動衛生職業病防治研究所、市寄生蟲病防治研究所、市結核病防治中心、市皮膚病性病防治中心以及市腫瘤防治研究辦公室、市心腦血管疾病防治研究辦公室，在全國范圍內率先組建成立了第一個省級疾病預防控制中心——上海市疾病預防控制中心，同時掛牌成立了上海市預防醫學研究院。

上海市疾病預防控制中心是履行市政府公共衛生職能的專業技術機構，集疾病預防控制與應急、監測檢驗與評價、應用科研與指導、技術管理與服務、綜合防治與健康促進為一體，旨在預防和控制危險因素、疾病、傷害和失能，提高全人群健康水平和生命質量。在繼續加強傳染病預防控制的同時，積極開展對慢性非傳染性疾病和健康危害因素的預防控制，重點加強疾病預防的技術決策、信息綜合、防治實施、應用研究和預防服務等功能。

在城市公共衛生安全保障方面，中心率先建成國家突發急性傳染病防控應急隊，開展公共衛生苗子事件監測處置，建立傳染病癥候群、病原綜合監測系統，開展空氣、飲用水、食品、職業、放射等全領域健康危害因素監測與評估。在人群健康服務管理方面，率先建成“五碼聯動”疫苗全程追溯管理系統，兒童免疫規劃疫苗接種率始終維持在98%以上，實施老年人肺炎疫苗、兒童水痘疫苗免費接種；建立疾控中心、定點醫療機構和社區衛生服務中心“三位一體”的結核病、艾滋病管理模式；率先實現“以人為核心”的主要慢性病整合健康管理模式，慢性病規范管理率穩步提升，實施社區居民大腸癌篩查，腫瘤登記質量達到國際先進水平。

目前，中心（含市預防醫學研究院）編制數903個。2021年底實際在編人員697名，其中專業技術人員662名，占95%。專業技術人員中，高級職稱人員占29%，中級職稱人員占39%，初級及未定級人員占32%；研究生學歷占49%，本科學歷占46%。

近年來，中心不斷加快學科建設步伐，以上海市公共衛生體系建設三年行動計劃為契機，建設大數據與人工智能運用、病原微生物與生物安全、災難醫學與衛生應急管理、傳染病學、流行病學、食品與營養衛生學、環境衛生學、勞動衛生學、核醫學與放射衛生學和衛生檢驗學等重點學科。持續加強實驗室能力建設，中心現有3個世界衛生組織認可的實驗室，分別為國家級艾滋病病毒耐藥監測網絡實驗室，脊灰亞國家實驗室，麻疹/風疹亞國家實驗室；7個省部級實驗室，分別為上海市艾滋病研究中心、國家食品安全監測農藥參比實驗室、國家致病菌識別網上海市中心實驗室、國家副溶血性弧菌實驗室、國家化妝品監測評價重點實驗室、國家食品復檢機構、國家環境保護新型污染物環境健康影響評價重點實驗室。持續開展實驗室能力變更及擴項評審，實驗室檢測認證認可參數達到2579項。二噁英和農藥殘留檢測能力達到國際先進水平，人體生物監測達到國內領先水平。建成本市新冠病毒公共檢測實驗室，檢測能力增至1.5萬份/日，做到“一錘定音”。積極整合國際國內的資源，推進與國內外公共衛生機構的合作與交流，推進公共衛生學科發展、人才培養和業務水平的提升，建設博士后科研工作站，推進全市公共衛生醫師規范化培訓，大力培養具有國際視野的公共衛生人才隊伍。

上海市疾病預防控制中心將著眼于落實“健康中國”“健康上海”戰略，對照市委市政府《關于完善重大疫情防控體制機制健全公共衛生應急管理體系的若干意見》及相關配套文件精神和工作要求，繼續秉承“曲突徙薪、博學明道、方寸納海、健康為上”的疾控精神，全力推進疾控體系現代化建設，努力打造一流硬件、聚集一流人才、掌握一流技術、具備一流能力，向建成與“卓越的全球城市”功能定位相匹配、與“全球公共衛生最安全的城市之一”的目標相適應、國內領先、國際先進的疾病預防控制機構的目標邁進。