柳州市疾控中心是在原柳州市衛生防疫站(成立于1952年)基礎上，合并原郊區防疫站、四城區防保站、市結核病防治所、市皮膚病防治站，于2002年11月8日組建的副處級公益一類事業單位。市疾控中心內設19個科室，內設8個職能科室，設結核病防制所、皮膚病防治所、門診部、理化檢驗所、微生物檢驗所、艾滋病防制所、免疫規劃所、慢性非傳染性疾病防制與健康所、職業與放射衛生防制所、傳染病防制所、環境與學校衛生防制所11個業務科室。

　　柳州市疾控中心編制141人，在職132人，其中高級職稱48人(正高11人,副高37人)，中級職稱43人，碩士34人。面積約12319平方米，實驗室面積5412平方米，主要儀器設備659臺套，固定資產9786萬元，擁有基因組測序儀、原子吸收分光光度計、氣相色譜質譜聯用儀、全自動生化分析儀，全自動酶免工作站，基質輔助激光解吸電離飛行時間質譜微生物分析系統，液相色譜-串聯四級桿質譜聯用儀等一批高精尖儀器設備。

　　我中心一直積極探索疾控發展模式，2003年提出“以科研項目為依托，提高行政效能，快速提升疾病防控能力”，2009年推行基本公共衛生為主導， 2012年探索教學科研應急疾控四位一體的模式，2015年打造“四型疾控”(技術型疾控、服務型疾控、管理型疾控、智慧型疾控)，2018年至今推行“政產防學研”五位一體新模式。健全的管理體系促進各項工作良好發展，我中心榮獲省市級以上榮譽110余項，國家級榮譽10余項，省級科技獎20余項，市級科技獎25余項。

　　目前具有實驗室計量認證、國家實驗室認可(CNAS)、司法鑒定許可資質、放射衛生服務機構、食品檢驗機構、艾滋病確認實驗室、從業人員健康檢查機構、職業衛生服務機構、艾滋病初篩實驗室的資質。中心注重科研，自成立以來科研獲獎47項次，目前在研立項課題26多項。與牛津大學、香港中文大學、中國疾控中心、上海復旦大學、安徽醫科大學、廈門大學、廣西醫科大學等組織和機構簽署多項合作協議，是廣西醫科大學與柳州市人民政府“校市共建柳州市公共衛生人才培訓基地”，是廈門大學、廣西科技大學、桂林醫學院的教學科研合作基地和公共衛生人才培訓基地。