藤縣疾病預防控制中心是2005年1月25日由藤縣衛生防疫站調整新建的縣衛生局屬下的公益性事業單位，由縣財政全額撥款，具有獨立法人資格，能獨立承擔法律責任和民事責任。全中心占地面積4000㎡，建筑面積3548㎡，業務用房3548㎡，其中，檢驗用房995.6㎡。主要儀器設備有電子分析天平、溶出分析儀、全自動酶標儀、500mAX光機等，總固定資產約162.9萬元。

　　中心現有職工72人，其中，本科8人，大專25人、中專27人，高中及以下12人;各級各類專業技術人員61人，中級以上職稱23人，初級職稱31人。現內設有辦公室、質量管理科、免疫規劃科、疾病控制科、結防科、衛生科和檢驗科等7個科室,主要承擔轄區內各項疾病預防控制、公共突發事件和救災防病等的組織實施和督查指導工作，協助和配合上級業務部門開展應用性科研和其它相關工作。