黑龍江省疾病預防控制中心是政府設置的實施疾病預防控制與公共衛生檢驗和服務的公益性事業單位，是全省疾病預防控制和衛生檢驗和服務的公益性事業單位，是全省疾病預防控制和衛生檢驗的中心機構和技術指導中心。

黑龍江省疾病預防控制中心在衛生行政部門領導下主要職責有以下幾方面：

一、在黑龍江省衛生和計劃生育委員會的領導下，完成國家下達的重大疾病預防控制的指導性任務，實施本省疾病預防控制的指令性任務，實施本省疾病預防控制規劃方案，對重大疾病流行趨勢進行預測，制定計劃免疫工作計劃，負責全省疫苗管理，負責對免疫接種副反應及事故進行診斷與鑒定。

二、組建應急處理隊伍，指導和參與重大突發公共衛生事件調查與處理。

三、開展病原微生物檢驗檢測，從事毒物與傳染物的檢驗鑒定和毒理學檢驗。

四、指導全省健康教育與促進和社區衛生服務工作。

五、承擔應用性科學研究，推廣先進技術，參與擬定國家公共衛生相關標準。開展對市縣級疾病控制機構的業務指導和人員培訓，組織實施市縣級疾病預防控制機構業務考核。

六、組織開展公共衛生健康危害因素和疾病的監測、評價；建立省級網絡平臺，管理全省疫情及相關公共衛生信息網絡，開展預測預報。

七、組織實施全省急性傳染病、慢性非傳染性疾病、寄生蟲病、地方病和媒介生物的預防與控制，負責從業人員健康檢查和衛生知識培訓。

八、承擔省衛生行政部門交付的其它任務。