院里下設檢測一所（色譜所）、檢測二所（光譜所）、天然產物研究所、業務質量管理部、財務人事部、協作共用網管理辦公室、采樣室、辦公室等八個部門。

目前實驗辦公大樓面積7000余平方米，主要分析儀器設備769臺（套），固定資產總值4887.10萬元，儀器設備價值4462.53萬元。

院里現有員工80人，其中在職37人，聘用人員43人；正高職稱8人，副高職稱10人，中級職稱16人；在讀博士研究生5人，碩士研究生學歷20人，本科學歷40人。

目前單位擁有“檢驗檢測機構資質認定證書（CMA）”、“中國合格評定國家認可委員會實驗室認可證書（CNAS）CNAS L2552”、“新疆維吾爾自治區農產品質量安全檢測機構考核合格證書（CATL）”，職業衛生技術服務機構（乙級）、入選全國土壤污染狀況詳查檢測實驗室目錄。共涉及7個食品大類，211個產品，共計4751個參數；7個非食品大類，16個產品，1313個參數。

在檢驗檢測領域，我院擁有進口氣相色譜儀、液相色譜儀、三重四極桿氣質聯用儀、三重四極桿液質聯用儀、等離子體發射光譜儀、等離子體質譜儀、X-熒光光譜儀、X-衍射光譜儀等先進的理化檢測設備，檢測設備屬于國內領先水平。建設了“新疆食品營養與安全重點實驗室”，能開展食品及保健食品、農產品、化妝品、化妝品、土壤、肥料、飼料、環境樣品、職業健康、公共衛生等領域的檢驗檢測，為政府、企業、高校、科研院所提供創新研究基礎檢測平臺服務。目前已編制并發布5項檢驗檢測類地方標準；2021年擬申報9項地方標準。