中心主辦公區（淮安市枚皋路6號公共衛生中心）建筑面積近3萬㎡，獨立實驗樓1.3萬㎡，下設辦公室、財務科、應急辦、質量管理科、科教信息科、后勤保衛科、傳染病防治科、慢性病地方病防治科、消毒與媒介生物防治科、公共衛生科、營養與食品衛生科、皮膚性傳播疾病防治科（性病艾滋病防治科）、結核病防治科、預防性體檢科（皮膚病醫院門診部）、檢驗科、健康教育所16個科室。內外環境優美、辦公條件一流，現代化的衛生應急處置指揮中心和健康教育演播大廳等矗立其間，職工活動中心、閱覽室、配屬食堂等設施齊備。

中心核定編制216人，現有碩士以上人員90人、江蘇省“333”人才4人、省突出貢獻中青年專家1人、市“533”英才工程培養對象31人，系東南大學、南京醫科大學、南通大學等高等院校的教學實習基地。十三五以來，累計承擔國家自然科學基金面上項目3項、青年基金項目1項、其他省市級項目50余項，年均發表學術論文110篇以上，獲國家、省、市級科技獎8項、國家專利8項、醫學新技術引進獎6項。

中心于1989年在全省地市疾控率先通過省級計量認證，擁有食品檢驗機構、健康相關產品法定檢驗單位、職業健康檢查機構、職業衛生技術服務機構等資質?，F設HIV確證實驗室、PCR實驗室、分子分型實驗室、色譜儀器分析實驗室等18個專業實驗室，并建成國家流感監測網絡實驗室、江蘇省食品風險監測重點實驗室、江蘇省職業衛生重點實驗室、淮安市突發公共衛生事件應急檢測重點實驗室等多個省市重點實驗室，擁有二代測序儀、流式細胞儀、病毒載量儀、電感耦合等離子體質譜儀、GC-MS-MS儀、氣相色譜質譜聯用儀、低本底總αβ放射性檢測儀、液相懸浮芯片系統等各類現代化檢測儀器設備總值5100余萬元，檢測能力涵蓋了9大類567個項目。

自成立以來，中心貫徹“預防為主、防治結合”方針，全力服務人民健康和“健康淮安”建設，在歷次應對“非典”、新冠肺炎疫情、人感染H5N1、H7N9禽流感、甲型H1N1流感、“5.12”汶川特大地震等重大事件中貢獻突出，各項工作成績斐然。中心連續三十多年保持“江蘇省文明單位”榮譽稱號，多次榮獲全國消滅脊髓灰質炎先進集體、全省衛生系統先進集體、全省疾病預防控制工作先進集體、市五一勞動獎章等稱號。