揚州市疾病預防控制中心成立于2003年1月，是市衛生健康委直屬的公益一類事業單位，副處級建制，為實施疾病預防控制職能的公共衛生核心專業機構。2018年，“揚州市公共衛生中心異地新建”是市委、市政府確定民生工程和重大項目之一，歷經2年多的建設，2020年12月29日，揚州市公共衛生中心建成并全面啟用。中心由市疾病預防控制中心、市血地防辦、市醫學檢驗中心、12320管理中心等多部門組成，增掛“江蘇省公共衛生研究院揚州分院”“全省公共衛生醫師規范化培訓揚州基地”牌子。

新中心用地面積29畝，建筑面積2.8萬㎡，其中實驗室面積超過1萬㎡，項目總投資3.8億。中心設23個科室，主要職能包括承擔全市疾病預防控制、環境與職業健康、疾病病原生物檢測鑒定、放射衛生和學校衛生、健康教育與促進、疾控體系信息化建設等工作；開展突發公共衛生事件調查、處置以及食品安全事故流行病學調查，對重大公共衛生問題進行風險評估；建立與醫療機構醫防協同機制，指導基層醫療機構開展基本公共衛生服務。

近年來，中心不斷持續投入，在建成萬人核酸檢測基地的基礎上，高標準建設流行病學、分子生物學、環境衛生學、食品安全等四大重點實驗室，依托中心衛生應急項目，啟動建設揚州市公共衛生應急和醫療救治指揮中心。新增投入2000多萬元配備高通量測序系統、微生物質譜儀、多病原檢測系統、數字PCR等高水平、高精度儀器設備，追加投入1800多萬元用于新冠病毒核酸城市檢測基地的改造建設，檢測日單檢可達4萬份樣本。在全省創新試點建成終端核酸檢測在線監測系統，實現即時多點預警，目前預警系統終端已覆蓋至全市34家核酸實驗室，為應對各類突發公共事件和疫情災害應急處置提供強有力的保障。

2020年，中心共招聘錄用91人，總編制達208人。其中專業技術人員占比達96%，衛生專業技術人員占比高達88.6%；高級以上職稱占比30.7%，中級職稱占比29.2%；碩士及以上高層次人才占比32.3%，擁有博士4名。擁有省“333人才工程”培養對象2名；市“英才培育計劃”培養對象4名；2名博士獲得市“綠揚金鳳計劃優秀博士”稱號；“張軍傳染病防控名師工作室”作為市級第五批“名師工作室”成功命名。

“十四五”時期，市公共衛生中心將高標準啟動建設揚州市公共衛生和醫療救援應急指揮中心、全市公共衛生醫師規范培訓基地，力爭我市公共衛生應急管理體系建設邁入全省前列。將依托市公共衛生醫師培訓基地，加強上下級疾控機構之間的技術指導、人員培訓和質量控制，強化鄉鎮衛生院和社區衛生服務中心公共衛生職能，完善各類醫療機構、專業公共衛生機構、基層防保機構、村級機構之間聯動的工作機制，努力構建整合型的疾病預防控制體系。