昆山市疾病預防控制中心的前身是昆山縣血吸蟲病防治站、昆山市衛生防疫站，是在昆山市衛生局領導下的直屬事業單位，為全市衛生防疫業務指導中心。50年多來，本單位在傳染病防治、計劃免疫和食品、環境、勞動、放射、學校衛生監督監測、衛生檢測檢驗、創建國家衛生城市等方面的工作取得了顯著成效，為昆山經濟建設和人民身體健康做出了應有的貢獻。兒童計劃免疫通過全國計劃免疫接種縣級第三個85%達標審評；血吸蟲病防治獲國家衛生部、農業部、水利部頒發的“消滅血吸蟲病達標縣”獎牌；絲蟲病達到了消滅標準；達到消除碘缺乏病標準；瘧疾達到了基本消滅標準。1999年獲全國縣級一等衛生防疫站，1999年起成為蘇州大學醫學院實習基地。

隨著國家衛生監督和疾病控制兩項體制改革的不斷深化，經昆山市人民政府批準，于2001年12月11日正式成立昆山市疾病預防控制中心(昆山市衛生檢測中心)。該中心占地面積5947平方米，建筑總面積7979平方米。擁有固定資產3145萬元。本中心現有在職員工112人，其中業務技術人員85人，含正、副主任醫師14人；擁有本科以上學歷44人，占專業技術人員的40%。

該中心自成立以來，獲2002年度江蘇省寄生蟲病防治先進集體稱號；2003年被授予江蘇省防治非典型肺炎先進單位，昆山市防治非典型肺炎工作先進集體等榮譽稱號；2004年順利通過了實驗室國家認可工作，標志著中心出具的檢測報告在世界上50多個國家被認可；2005年獲昆山市文明單位稱號；2006年被評為蘇州市“十五”期間血寄地防工作先進集體。

50多年來，昆山衛生防病工作者依靠集體的智慧和無私的奉獻精神，團結相信人民群眾的力量，根治了嚴重危害昆山人民健康的血吸蟲病，各類計免相關的傳染性疾病得到了有效的控制。昆山市疾病預防控制中心成立以來，繼承和弘揚血防精神，致力打造新世紀疾病預防控制體系，為全領域、多方位保障經濟社會進步、保障人民群眾健康繼續發揮重要作用。