醫院設有內、外、骨、婦、兒、腫瘤等一級臨床科室，并有心血管、消化、泌尿等二級專科，設有放射、檢驗、病理、超聲、心功能、內窺鏡室等醫技科室。醫療設備總價值15115萬元，其中百萬級以上設備30余臺，如64排128層CT、16排CT、全自動生化免疫流水線、3D高清電子腹腔鏡、4K電子腹腔鏡系統、數字化X射線攝影成像系統、電子胃腸鏡系統等。

目前，醫院的普外科、婦產科、骨科、消化內科以優質的團隊、精良的設備、精湛的技術，在金山及周邊地區擁有一定的知名度：

普外科以微創技術為主線，開展的腹腔鏡下胃腸道腫瘤根治術、膽囊切除術、闌尾切除術、疝氣修補術，甲狀腺腫瘤規范化手術質與量區內領先。

婦產科倡導“婦科無創，產科無痛”理念，婦科良性腫瘤全部采用微創手術技術，陪伴分娩、無痛分娩順產率保持在90%以上。

骨科的腰椎間盤突出癥小切口手術開展近20年，反響良好，在老年人骨折精細化治療方面擁有較為純熟的經驗，年齡最高的手術者為105歲，康復良好，關節鏡新技術治療半月板損傷、髕股關節炎等效果明顯。

消化內科的無痛胃腸鏡檢查及內鏡下息肉摘除在區內小有名氣，能及時發現并切除早期胃腸道腫瘤，先后開展膠囊內鏡、超聲內鏡、內鏡下食管靜脈曲張套扎等先進檢查、治療技術。內鏡中心設備與三級醫院相同，團隊成員均有在上海三級醫院進修學習經歷。

近幾年，亭林醫院以提升醫療技術，保障醫療安全為基礎，致力于“亭醫式”服務的塑造，已形成“三個在亭醫”特色，即上海專家在亭醫、特診服務在亭醫、滿意服務在亭醫：

上海專家在亭醫：邀請上海三級醫院知名專家、教授入駐亭醫，目前專家團隊已經有40多位，來自同濟、華山、中山、腫瘤、華東、六院、瑞金醫院等。專家通過開設門診、教學查房、教學手術、小講課等方式，在規范管理、規范診療、學科建設、論文課題、人才培養等方面助推亭林醫院發展，同時為各類危重病人搶救提供援助。

特診服務在亭醫：成立亭林醫院社工部，擁有全市三甲醫院專家顧問團隊的醫療資源，結合亭林醫院的醫療技術，以特有的服務理念與項目，解決患者進一步治療的需求，如開設外院快捷綠色檢查通道、聯系專家聯合會診、預約床位、手術、跟蹤服務與隨訪等，年均服務5000多人次。

滿意服務在亭醫：全區首家嘗試365天無休門診工作模式，創新開設口腔科夜門診，各輔助科室錯峰上班；全區首家門急診全面推行自助服務及診間結算的醫院；體檢科提供錯時體檢、上門體檢、后續服務、自助早餐等；上下對接服務：開設24小時服務熱線，隨時預約住院，各類檢查，醫療咨詢等服務；專人負責社區醫療需求網格化對接，開設上海三級醫院就診通道；四支志愿者隊伍常年開展下鄉義診、企業健康講座、學校及敬老院服務、門診導醫陪診等服務，并開啟全院人人志愿、隨手公益模式。

醫院秉承“小綜合、大專科”的發展理念，立足于常見病、多發病的診治，已創建成為二甲醫院、金山東北區域的醫療中心。