中心現設有辦公室、財務科、業務管理科、科教科、傳染病防制科、免疫規劃管理科、消毒與病媒生物防制科、艾滋病防制科、職業衛生科、環境衛生科、食品與學校衛生科、微生物檢驗科、理化檢驗科、基層公共衛生科(應急辦)、質量管理科及總務設備科共16個科室?，F有員工121人，其中博士9人，碩士31人，本科50人；正高職稱11人，副高27人，中級31人，國家級特聘顧問三名。

主要職能是疾病預防與控制、突發公共衛生事件應急處置，疫情報告及相關因素信息管理，健康危害因素監測與干預，實驗室檢測分析與評價，健康教育與健康促進，疾病控制技術管理與應用研究指導。

主要職責是完成國家、省、市下達的重大疾病預防控制的指令性任務，開展轄區內傳染性疾病監測、調查和處理；組織、計劃和督導實施預防接種工作；調查突發公共衛生事件，實施控制措施；開展常見病原微生物檢驗檢測和常見毒物、污染物的檢測；開展職業衛生監測和建設項目職業病危害因素評價；開展放射衛生監測和放射診療建設項目放射防護評價；開展食品衛生、環境衛生和學校衛生等領域健康危害因素監測；開展公共場所衛生檢測及衛生學評價；管理轄區疫情及相關公共衛生信息；承擔衛生行政部門委托的與衛生監督執法相關的檢驗檢測任務；開展健康教育與健康促進；負責對下級街道預防保健所的業務指導、人員培訓和業務考核;指導轄區內醫療衛生機構公共衛生工作開展。

本中心實驗室是寶安區的重點實驗室，獲得實驗室認可、實驗室資質認定(計量認證)、食品檢驗檢測機構資質認定、深圳市公共場所衛生檢驗與評價、HIV初篩及確證實驗室、廣東省職業衛生技術服務機構(乙級)、放射衛生技術服務機構、深圳市公共場所衛生檢驗檢測評價機構等資質。除常規監測檢驗外，還可開展食品中獸藥殘留、食品中重金屬、工作場所有機溶劑檢測、病原菌的分離鑒定、流感等病毒分離鑒定、基因分型和序列分析、HIV確證實驗等檢測工作。