醫院開放床位數1000張，設有胸外科、腫瘤科、呼吸科、結核科、職業病科等15個臨床科室、11個醫技科室和多個研究機構。現擁有胸外科、呼吸科、職業病科3個國家臨床重點專科、1個市級重點實驗室、1個臨床轉化中心以及肺癌、疑難肺部疾病、結核病、職業病4個臨床研究中心。其中胸外科復旦醫院管理研究所全國專科排名第三。呼吸病學中國醫院科技影響力專科排名全國第四，上海第一。結核科中國醫院科技影響力專科排名全國第二。醫院還承擔核化應急救治任務，擁有一支國家核應急醫學救援分隊，圓滿完成多次重大相關應急救治保障任務。2016年，醫院提供門急診服務946681人次，出院人次77579，胸外科手術10392例，平均住院日5.34天。

全院現有職工1278人，專業技術人員占88.9％，擁有一支包含長江學者、青年長江、國家杰青、中組部千人及青年千人計劃、國自然優青、上海領軍人才在內的優秀人才隊伍。

十二五期間，醫院主持及參與國家衛生計生委“十二五”重大專項3項、973計劃1項、國自然重點1項、重大研發1項、重大培育2項、國際合作1項等省部級以上科研項目148項（其中國自然76項）。2016年獲省部級以上科研項目28項，其中科技部重大研發計劃子課題1項、國自然16項（含優青2項）。獲國家科學技術進步獎一等獎（合作）、華夏醫學科技獎一等獎、教育部科學技術進步獎二等獎、中華醫學科技獎一等獎、中華護理學會科技二等獎、上海市科技進步獎一等獎、上海醫學科技獎一等獎等各級各類獎項。

面向未來，全院職工將始終堅持以“精醫重道、務實創新”的肺科精神，努力將上海市肺科醫院建成與上海城市地位相適應，具有國內一流學科實力、創新能力和較高國際影響力的呼吸系統疾病臨床、研究、教學中心，為患者提供更加優質、便捷的精準醫療服務。

職業病診斷項目：職業性塵肺病及其他呼吸系統疾病、職業性傳染病、物理因素所致職業病、職業性皮膚病、職業性眼病、職業性耳鼻喉口腔疾病、職業性腫瘤、其他職業病、職業性放射性疾病、職業性化學中毒。