馬鞍山市環境科學研究所是馬鞍山市環境保護局直屬單位。1、開展環境保護規劃、城市環境綜合整治規劃、環境功能區劃、節能減排方案、區域流域污染調查與控制研究、污染總量控制方案與環境承載力研究、污染控制技術篩選與研究等課題研究，為環境管理與決策提供技術支撐。2、開展生態建設與保護規劃、農村環境綜合整治規劃、礦區生態保護研究、有機食品基地環境研究等，為生態建設和生態保護提供技術支持。3、開展清潔生產方案制定與清潔生產審核、循環經濟設計等。