巴彥淖爾市環境科學研究所是巴彥淖爾市環境保護局直屬單位，負責全市經濟發展重大戰略中環保方針、政策及相關法規體系方面的研究和環境、經濟、社會可持續發展、環境決策支持技術研究;承擔地方環境標準的研究、地區環境容量方法的研究;組織重大環境科研項目、應用技術研究;負責開展突出環境問題與生態問題的研究;組織全市環境規劃方法、研究和負責全市環境綜合整治規劃、計劃的編制工作;負責開展‘三廢’綜合利用技術，生態工程建設的研究等工作，負責全市建設項目環境影響評價工作。